Heisingen war knapp 1000 Jahre der Abtei Werden zugehörig. Das Anwesen Haus Heisingen wurde bereits 796 erstmals erwähnt und diente als Sommerresidenz der Äbte. Heisingen war während dieser Zeit landwirtschaftlich geprägt. Im 17. Jahrhundert wurde hier erstmals Kohle gefunden. Es begann zunächst der oberflächliche Bergbau, die geförderte Kohle konnte über die Ruhr verschifft werden. Anfang des 20. Jahrhunderts erfolgte eine schrittweise Zusammenlegung der vielen Kleinzechen zu einem Großbetrieb unter Leitung des Industriellen Carl Funke. Zur Zeit der höchsten Auslastung in den fünfziger Jahren beschäftigte die Carl Funke Zeche insgesamt 2500 Mitarbeiter. Entsprechend wuchs der Stadtteil in Infrastruktur und Wohnungsbestand. 1973 wurde die Carl Funke Zeche stillgelegt. Heute erinnert nur noch der Förderturm an die Bergbauzeit, alle weiteren Gebäude wurden abgerissen und das Gelände renaturiert.
1808 nach der Säkularisation gehörte Heisingen erst zur Bürgermeisterei Kettwig, ab 1875 dann zur Bürgermeisterei Rellinghausen. Für die Jahre 1910 bis 1929 wurde Heisingen schließlich zu einer eigenständigen Gemeinde erhoben. Anschließend folgte doch die Eingemeindung nach Essen.